Investigación

PySCeS PySCes, análisis de sistemas celulares [|http://pysces.sourceforge.net] o [|descargapysces], en estos dos links encontraras paginas seguras para tu descarga de pysces, recuerda seguir los pasos que te indiquen es muy fácil y rápido... Pero para poder descargar PySCes primero debes tener instalado Python 2.5, aqui te damos los tips para su instalación:
 * 1. **** Nombre del modulo: **
 * 2. **** Sitio de descarga: **

¿CÓMO INSTALAR PYTHON???
Para comenzar debemos seleccionar el paquete de instalación adecuado a nuestro sistema operativo desde la siguiente url: @http://www.python.org/download/ , esta disponible para linux, windows, mac, etc. Este tutorial lo realice con la Python version 2.5.2 para Windows XP, pero los pasos son similares. El programa del Juego WOrd Sailing, se ha realizado con esta misma versión. Las demás versiones no son muy diferentes, ya que una de las ventaja de python es que puedes ejecutar este programa en otra versión sin ningún problema. Luego de descargado el archivo python-2.5.2, lo puedes ejecutar y divertirte con WordSailing. Sigue los siguientes pasos:


 * [[image:http://www.artecreativo.net/oy/uploads/2008/05/instalar-python-300x260.gif width="300" height="260" caption="Instalación de Python" link="http://www.artecreativo.net/oy/uploads/2008/05/instalar-python.gif"]] ||
 * Instalación de Python ||


 * [[image:http://www.artecreativo.net/oy/uploads/2008/05/carpeta-python-300x259.gif width="300" height="259" caption="Carpeta de Instalación Python" link="http://www.artecreativo.net/oy/uploads/2008/05/carpeta-python.gif"]] ||
 * Carpeta de Instalación Python ||


 * [[image:http://www.artecreativo.net/oy/uploads/2008/05/finalizar-instalacion-300x259.gif width="300" height="259" caption="Finalizar Instalacion de Python" link="http://www.artecreativo.net/oy/uploads/2008/05/finalizar-instalacion.gif"]] ||
 * Finalizar Instalacion de Python ||

Listo!!!
===** 4. **** Instrucciones de instalación: ** Para poder utilizar este modulo es necesario instalar los siguientes programas: · Python (2.5.4) · NumPy (1.2.1) · SciPy (0.7.0) · Matplotlib (0.98.52.2) Existen paquetes opcionales, pero que son altamente recordables: · IPython (Interactive Shell) · Pyreadline · Pywin32 Los programas pueden ser descargado en: [|http://pysces.sourceforge.net] ... ===

===5. ** Funcionalidad proporcionada por el modulo: ** PySCeS, es un tipo de simulador que utiliza Python para sistemas de celulares. Este modulo utiliza texto ASCII basado en archivos para describir un sistema celular en términos de comportamiento y parámetros. Los archivos de entrada pueden tener cualquier nombre con la única restricción que, para la compatibilidad de plataformas, estas deben de terminar con la extensión .psc. Funciones: · Es un módulo de análisis estructural. · Utiliza integradores para la simulación de la evolución de un sistema celular a través del tiempo (LSODA) En las funciones de Python del módulo de PysCes están disponibles para obtener y establecer información sobre las partes de la estructura del cuerpo humano. Estas funciones se pueden utilizar los scripts de terceros para exportar información que necesitan los experimentalistas, así como la validación del modelo: por ejemplo, un script puede comprobar si el plásmido que contiene cada parte tiene genes compatibles de resistencia a los antibióticos y sugiere cambios. ===

==="Las ventajas que ofrece en sistemas celulares es el de gradientes de concentraciones para predecir presiones osmóticas y prevenir que un sistema colapse... " Jose Carlos Chiquin Licenciado en Química Pura. ===

===A través de éste módulo también podemos graficar problemas clásicos de la teoría de gráfico, como árboles de expansión mínima y el flujo de red, y también implementa algoritmos para algunos métodos de análisis reciente de la red, como la búsqueda de la estructura comunitaria. Para ello se necesita la aplicación de //igraph// le permite manejar gráficos con millones de vértices y aristas, con la plataforma que desee, ejemplo de una gráfica de problemas clásicos de la teoría del gráfico mencionados anteriormente: ===



===Conexiones dé módulos, p or ejemplo, si un usuario desea construir un enlace de los ciclos de fosforilación, entonces simplemente se puede conectar la quinasa de un módulo a la proteína fosforilada en el otro módulo. Esta conexión indica que la quinasa en el primer módulo y la proteína fosforilada en el segundo módulo son la misma molécula. Las conexiones no alteran los propios módulos, por lo que los módulos son reutilizables. Por lo regular se hacen conexiones de módulos de genética. === === ​ Ejemplo1 Modelname: MWC_wholecell2c Description: Surovtsev whole cell model using J-HS Hofmeyr’s framework Species_In_Conc: True Output_In_Conc: True   === UnitVolume: litre, 1.0, -3, 1 UnitSubstance: mole, 1.0, -6, 1 UnitTime: second, 60, 0, 1 Compartment: Vcyt, 1.0, 3 Compartment: Vout, 1.0, 3 Compartment: Mem_Area, 5.15898, 2 FIX: N R1@Mem_Area: N = M Mem_Area*k1*(Pmem)*(N/Vout) R2@Vcyt: {244}M = P # m1 Vcyt*k2*(M) 2 R4@Mem_Area: P = Pmem Mem_Area*k4*(P) R5@Mem_Area: L = Lmem Mem_Area*k5*(L) RateRule: Vcyt {(1.0/Co)*(R1+(1-m1)*R2+(1-m2)*R3-R4-R5)} RateRule: Mem_Area {(sigma_P)*R4 + (sigma_L)*R5} Co = 3.07e5 # uM p_env/(R*T) m1 = 244 m2 = 42 sigma_P = 0.00069714285714285711 sigma_L = 0.00012 !F S_V_Ratio = Mem_Area/Vcyt !F Mconc = (M)/M_init !F Lconc = (L)/L_init !F Pconc = (P)/P_init M_init = 199693.0 L_init = 102004 P_init = 5303 Mconc = 1.0 Lconc = 1.0 Pconc = 1.0 N@Vout = 3.07e5 Pmem@Mem_Area = 37.38415 Lmem@Mem_Area = 8291.2350678770199 M@Vcyt = 199693.0 L@Vcyt = 102004 P@Vcyt = 5303 k1 = 0.00089709 k2 = 0.000182027 k3 = 1.7539e-010 k4 = 5.0072346e-005 k5 = 0.000574507164 """ Simulate this model to 200 for maximum happiness and watch the surface to volume ratio and scaled concentrations. """ Ejemplo 2 [] Ejemplo3
 * 1) Global unit definition
 * 1) Compartment definition
 * 1) Rate rule definition
 * 1) Rate rule initialisation
 * 1) Assignment rule definition
 * 1) Assignment rule initialisations
 * 1) Species initialisations
 * 1) Parameter initialisations

[|ejemplo3]
El siguiente ejemplo e una aplicación llamada TinkerCell se ha desarrollado con el fin de servir como una herramienta CAD para la biología sintética. TinkerCell es una herramienta de modelado visual que ayuda a la observación de la jerarquía de las partes biológicas. Cada parte de esta jerarquía se compone de un conjunto de atributos que definen la parte, como la secuencia o constantes de velocidad. Los modelos que se construyen con estas piezas pueden ser analizados utilizando únicamente los módulos de python como PySCes .Éste módulos se pueden conectar entre sí, formando grandes redes modulares.

6. Utilidad del módulo  Uso en los estándares de la comunidad y las herramientas como la Biología.

• Además de las funciones de análisis más PySCeS [25] como el análisis de bifurcación y los parámetros de las exploraciones.

• Permite que el texto y las vistas de gráficas para ser fácilmente de intercambiarlas.

• Capacidad de construir modelos con las piezas predefinidos.

Uso en los estándares de la comunidad y las herramientas como la Biología. Para muchas carreras que ofrece la Universidad es muy importante éste módulo, como la carrera de bioquímica o de biología que estudia el ADN y los procesos de las celulas. Se entrevistaron dos catedráticos para saber la importancia que tenía éste modulo en su carrera, bióloga Silvana Manselli con maestría en genética y Lic. Carlos Chiquín, ambos pertenecen al campo científico. También se entrevistó a un alumno, Salvador Dacaret, 06093 cursa quinto año de ing. química, quienes opinaron que el modulo presentado es interesante para el desarrollo de su carrera. 7. Glosario de términos PySCeS soporta las definiciones de una unidad global. Por esto sean escogido las de mayor enfoque para el uso de Systemas Biology Modelling Language. Las definiciones generales de la unidad de PySCeS son: ,, , , : donde kind es un string que describe la unidad de base. La unidad base es una modificación para multiplicar.

Teoría del gráfico: En matemáticas e informática, es el estudio de gráficos: estructuras matemáticas modelaban en parejas relaciones entre los objetos de cierta relación y colección. LSDA: Se trata de un programa de solución robusta amplitud de paso adaptativa que cambia automáticamente a un método de varios pasos. Modulo: es un componente auto controlado de un [|sistema], dicho componente posee una interfaz bien definida hacia otros componentes; algo es **modular** si está construido de manera tal que se facilite su [|ensamblaje] , acomodamiento flexible y [|reparación] de sus componentes.

8. Enlace a video que muestra el funcionamiento del módulo: ** [] 9. Bibliografía:

<span style="color: #800080; font-family: 'Comic Sans MS',cursive;"> 1. <span style="color: #800080; font-family: 'Comic Sans MS',cursive; font-size: 110%;">The Python Simulator for Cellular Systems. Última fecha de modificación: 20 de enero de 2010. Tomado de: <span style="color: #2ab2b2; font-family: 'Comic Sans MS',cursive; font-size: 110%;"><span style="background-color: #ffffff; font-family: 'Comic Sans MS',cursive; font-size: 110%;">[] <span style="color: #800080; font-family: 'Comic Sans MS',cursive;">2. Brett G. Olivier, Johann M. Rohwer y Jan-Hendrik S. Hofmeyr 2008. Sistemas de modelado celular con PySCeS, Bioinformática,. Stellenbosch University, South Africa

<span style="background-color: #ffffff; font-family: 'Comic Sans MS',cursive; font-size: 110%;">home

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